기유각서 체결로 대한제국의 사법권(법을 적용하고 해석하는 권한)이 일제에 완전히 넘어갔다.

1909년(기유년) 7월 12일 총리대신 이완용이 제2대 통감 소네 아라스케와 이 같은 내용의 각서를 주고받으면서 대한제국의 사법부와 재판소가 폐지됐다. 우리나라 사람이 범죄를 저지르면 일본에 의해 처벌받게 된 것이다. 사법부의 문서 작업 업무도 통감의 손아귀에 들어갔다.

일본은 기유각서를 근거로 한 '특별법'을 만들어 항일 투쟁을 더욱 철저히 억압하고 감시할 수 있었다.